西南中沙群島開發(fā)的歷史極其漫長。很早以前，中國人民就懂得在經(jīng)營、開發(fā)島嶼和利用海洋資源時(shí)，加以相應(yīng)保護(hù)。例如，在諸多島嶼礁灘上種植的林木、放養(yǎng)繁殖的各種陸生動(dòng)物，給海島營造了良好的生態(tài)環(huán)境，是我們的祖先留給后代的寶貴遺產(chǎn)。新中國成立后，西南中沙群島的海洋環(huán)境、自然資源的保護(hù)工作得到有關(guān)方面的高度重視和鼎力支持。就目前來說，西南中沙群島的島嶼礁灘及其海域的環(huán)境就得到很好的保護(hù)。但不容忽視的是，海洋捕撈和海島開發(fā)出現(xiàn)的一些不端行為，給海洋資源和生態(tài)環(huán)境帶來了不同程度的破壞，海洋污染從濱海向深海蔓延的趨勢；同時(shí)，遠(yuǎn)海航運(yùn)、深海開發(fā)產(chǎn)生的廢棄物質(zhì)也不同程度地影響到海洋的自然環(huán)境。為了更好地開發(fā)、利用和保護(hù)海洋，我國政府及廣大海洋工作者不斷加強(qiáng)海洋的研究與保護(hù)，不斷強(qiáng)化海洋保護(hù)措施。在西南中沙群島，現(xiàn)劃定的自然保護(hù)區(qū)和設(shè)立的保護(hù)項(xiàng)目主要有：
東島白鰹島自然保護(hù)區(qū)。白鰹鳥，全身潔白，漁民們稱為“鳥白”。是西南中沙群島的主要鳥類。主要集中在西沙群島的東島。白鰹鳥頗善飛行，早出晚歸，飛行方向隨季風(fēng)變化很有規(guī)律，被漁民親切地稱為“導(dǎo)航鳥”。即可根據(jù)鰹鳥的飛行規(guī)律確定航行方向和島嶼位置。自古以來，在漁民中是禁止捕殺鰹鳥的。1981年我國政府劃定東島為白鯉鳥自然保護(hù)區(qū)。西南中沙群島辦事處派出專人上島管理。駐島人員大量植樹造林，為鳥類提供棲場所，適風(fēng)季或雨天，救助幼雛小鳥；并教育過往人員，保護(hù)鳥上生態(tài)環(huán)境和保護(hù)鳥類資源。
現(xiàn)在，東島白鰹鳥自然保護(hù)區(qū)環(huán)境優(yōu)良，鳥類生長繁衍如常。全島已有鳥類50多種，白鰹鳥達(dá)約3萬只，成為名符其實(shí)的海鳥的天堂。
保護(hù)造礁珊瑚。人們通常所說的珊瑚，是海洋生物中一種低等動(dòng)物——珊瑚蟲，屬于腔腸動(dòng)物，它生長在鹽度正常、透明度好、水溫18℃以上、離水面較淺的熱帶海洋中。西南中沙群島海域有非常適宜珊瑚生長的環(huán)境，共有造礁珊瑚40屬，134種和亞種。珊瑚從海中獵取浮游動(dòng)物、吸收營養(yǎng)、不斷地生長繁殖，并從身上分泌出一種石灰質(zhì)，死亡留下它的石灰質(zhì)外骨骼。珊瑚礁就是由這些細(xì)小的珊瑚經(jīng)過幾百年、幾千年的沉積而形成島礁的。保護(hù)珊瑚，就是為珊瑚生長提供有利的繁殖環(huán)境和條件，促進(jìn)各島礁環(huán)礁地形的發(fā)育。在西南中沙群島居民和流動(dòng)漁民當(dāng)中，保護(hù)造礁珊瑚已經(jīng)形成長期的自覺行動(dòng)。不向珊瑚礁盤上排放生產(chǎn)和生活廢水，保護(hù)海水清凈；不在珊瑚環(huán)礁的礁盤上踐踏或采集珊瑚。一直以來，西南中沙群島各島嶼礁灘的造礁珊瑚得到良好的保護(hù)。
保護(hù)漁場魚類資源。捕撈業(yè)是西南中沙群島經(jīng)濟(jì)發(fā)展主要產(chǎn)業(yè)，廣闊的海場和豐富的魚類，每年吸引大批各在漁民來島作業(yè)，由于我國遠(yuǎn)海捕撈技術(shù)還比較落后，在西南中沙群島的漁場的浦撈量遠(yuǎn)未超過魚類資源的再生能力。但是，大量的捕撈特別是某些經(jīng)濟(jì)價(jià)值較高的魚類的集中捕撈，已經(jīng)使魚類資源有了減少的趨勢，引起了有關(guān)方面的重視。西南中沙群島水產(chǎn)漁政部門不斷加強(qiáng)對(duì)來島作業(yè)漁民的教育，不斷加強(qiáng)對(duì)漁場的行政管理，嚴(yán)禁濫捕濫殺，嚴(yán)禁在漁場炸殺、毒魚、電魚。
保護(hù)海龜。海龜是少數(shù)幾種海洋爬行動(dòng)物之一，是世界性保護(hù)的海洋動(dòng)物。多年以來，我國政府就把海龜列為國家二類保護(hù)動(dòng)物加以保護(hù)。嚴(yán)禁捕捉海龜，嚴(yán)禁買賣海龜，嚴(yán)禁拾取龜?shù)?，?yán)禁破壞海龜長生海域和海島的生態(tài)環(huán)境。現(xiàn)在每當(dāng)夏季西南季風(fēng)盛行時(shí)，隨西南暖流從斯里蘭卡、印度尼西亞、馬來西亞附近海區(qū)進(jìn)入西南中沙群島的海龜愈來愈多，它們?cè)诟鲘u嶼礁盤上交配，爬上沙灘產(chǎn)卵，許多還滯留在島嶼礁盤上越冬。
保護(hù)幾種國家珍稀的海洋動(dòng)物。在西南中沙群島，列為國家一級(jí)保護(hù)動(dòng)物以上幾種：
紅珊瑚，屬腔腸動(dòng)物類。同其他珊瑚一樣，終生水媳型，紅珊瑚由中膠層形成骨骼，骨質(zhì)堅(jiān)硬，顏色艷美，狀如繁枝之樹，出產(chǎn)極其稀少?？勺鞲呒?jí)裝飾品。
庫氏硨磲，屬軟體動(dòng)物類。殼大而厚，略呈三角形；殼面有高壟，壟上有重疊的鱗片。殼內(nèi)光澤平滑。硨硬殼是古稱七寶之一，與金銀、琉璃、瑪瑙、珊瑚、琥珀、珍珠齊名。其肉可共食用，是為稀品。
鸚鵡螺，屬軟體動(dòng)物類。其殼甚大，平旋而無頂。表面灰白，內(nèi)面具極美麗的珍珠光澤。棲息海底，夜間群游海中?，F(xiàn)為珍稀動(dòng)物之一，己很難捕獲。
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