后來(lái)，耶律普速完與駙馬之弟蕭樸古只沙里通奸，封駙馬為東平王，又羅織罪名把駙馬處死。駙馬的父親蕭斡里刺是西遼的元老，官拜六院司大王，是一位權(quán)勢(shì)人物。當(dāng)耶律普速完處死駙馬后，1178年，他發(fā)動(dòng)宮廷政變，殺死耶律普速完和蕭樸古只沙里，將仁宗次子耶律直魯古立為汗，改元“天穆”。西遼在感天后和仁宗統(tǒng)治時(shí)期，基本上貫徹執(zhí)行耶律大石制定的國(guó)策，對(duì)外派兵，對(duì)內(nèi)生聚，到承天后統(tǒng)治時(shí)期國(guó)力已相當(dāng)雄厚，耶律直魯古繼位后，西遼達(dá)到鼎盛時(shí)期。同時(shí)，西遼的統(tǒng)治集團(tuán)奢侈，開(kāi)始腐化，對(duì)外連年用兵，對(duì)內(nèi)加重剝削。耶律直魯古在位朗間，一味娛樂(lè)游獵，不理政務(wù)，致使政治腐敗，社會(huì)矛盾激化。
在卡特萬(wàn)會(huì)戰(zhàn)之后，塞爾柱王朝的勢(shì)力不僅完全退出河中地區(qū)，而且在呼羅珊地區(qū)也日趨衰落，代之而起的是阿富汗古爾王朝。古爾王朝在12世紀(jì)末已是阿姆河以南的大國(guó)，它于1197年占領(lǐng)了巴里黑（阿富汗馬扎里沙里夫之西北）。該城的統(tǒng)治者原來(lái)每年向西遼王朝送繳土地稅，古爾王朝占領(lǐng)巴里黑后，停止了該城向西遼王朝繳納貢賦。同時(shí)古爾王朝還與花刺子模發(fā)生沖突，花拉子模沙特克什向西遼王朝求援。使臣對(duì)耶律直魯古說(shuō)，西遼王朝應(yīng)該出兵報(bào)復(fù)，不然古爾王朝將像奪取巴里黑一樣奪取花刺子模，然后進(jìn)攻西遼。
西遼派塔陽(yáng)古為統(tǒng)帥帶領(lǐng)大軍出征，1198年春渡過(guò)阿姆河，進(jìn)入呼羅珊地區(qū)，同時(shí)花刺子模沙特克什也率軍到達(dá)圖斯。西遼軍隊(duì)進(jìn)入古爾王朝后，占領(lǐng)了許多地方，到處搶掠、殺戮。西遼軍隊(duì)向古爾王朝的巴里黑城長(zhǎng)官發(fā)出最后通牒：或是放棄巴里黑城，或是送繳像從前一樣的貢賦。巴里黑城長(zhǎng)官拒絕了，聯(lián)合呼羅珊的一些城堡襲擊西遼軍隊(duì)。結(jié)果西遼軍隊(duì)潰敗，被追逐至阿姆河，許多士兵被趕進(jìn)河中淹死，共損失一萬(wàn)二千人。西遼軍隊(duì)?wèi)K敗的消息傳到巴拉沙袞，耶律直魯古大為震驚，向花刺子模沙派出使臣索取損失賠償。特克什拒絕。菊兒汗派兵伐花刺子模，失敗而還；花刺子模軍追至布哈拉，并攻下該城。
1203年古爾王朝與花刺子模又發(fā)生戰(zhàn)爭(zhēng)。特克什已死，他的繼承人摩訶末沙向西遼派出使臣求救。菊兒汗派塔陽(yáng)古率領(lǐng)一萬(wàn)軍隊(duì)救援，西部喀喇汗王朝蘇丹蘇丹•奧斯曼也率軍參加。古爾王朝蘇丹什哈布•丁聽(tīng)到消息后倉(cāng)皇撤兵，在安都淮沙漠被西遼軍隊(duì)包圍，雙方展開(kāi)激戰(zhàn)。古爾軍隊(duì)有五萬(wàn)人死于戰(zhàn)場(chǎng)，古爾蘇丹逃脫，進(jìn)入城堡。西遼軍隊(duì)又把城堡團(tuán)團(tuán)圍困，經(jīng)奧斯曼說(shuō)合，古爾蘇丹交出贖金，西遼軍隊(duì)釋放了古爾蘇丹。西遼軍隊(duì)雖然獲得勝利，但是付出了很大的代價(jià)，對(duì)西遼并沒(méi)有帶來(lái)實(shí)際好處，相反卻為花刺子模在呼羅珊的發(fā)展掃清了道路。
與此同時(shí)花剌子模也開(kāi)始逐步興起，顯露出擺脫西遼統(tǒng)治，在中亞地區(qū)稱(chēng)霸的傾向。
隨著花刺子模國(guó)力的增強(qiáng)，摩訶末沙不甘心于自己的附庸地位，便停止了給西遼的年貢。耶律直魯古派宰相馬赫穆德三依督責(zé)貢賦。當(dāng)時(shí)摩訶末正準(zhǔn)備對(duì)欽察發(fā)動(dòng)戰(zhàn)爭(zhēng)，既怕西遼大興問(wèn)罪之師，又不愿以藩屬的身份接待使臣，便請(qǐng)母親圖兒罕可敦來(lái)處置。圖兒罕可敦以尊崇的禮節(jié)接待西遼的使臣，繳納了所欠的年貢，并派出幾名貴族隨馬赫穆德巴依朝見(jiàn)菊兒汗，表示遲納年貢的歉意，保證今后洛守藩屬的義務(wù)。但是，摩訶末沙征欽察勝利返回后，不僅停止了對(duì)西遼王朝的貢賦，而且開(kāi)始征服整個(gè)河中地區(qū)。
1206年布哈拉爆發(fā)了桑賈爾領(lǐng)導(dǎo)的人民起義，摩訶末沙認(rèn)為這是征服河中地區(qū)的大好時(shí)機(jī)，便率軍進(jìn)入河中地區(qū)，攻占布哈拉，鎮(zhèn)壓了人民起義。摩訶末同西部喀喇汗王朝的奧斯曼結(jié)成同盟，與西遼對(duì)抗，但被西遼打敗。摩訶末沙退回花刺子模。奧斯曼轉(zhuǎn)向西遼，并向菊兒汗的女兒求婚，但遭到拒絕，于是再轉(zhuǎn)向花刺子模。
1210年，摩訶末沙再次出兵，進(jìn)入河中地，受到奧斯曼的熱烈歡迎；但他們?cè)俨皇瞧綑?quán)的盟友，而是宗主與附庸的關(guān)系。摩訶末沙為動(dòng)員廣大穆斯林支持自己，煽起他們的宗教狂熱，宣布對(duì)西遼進(jìn)行“圣戰(zhàn)”。他在怛邏斯附近打敗西遼軍隊(duì)，并俘虜了其主帥塔陽(yáng)古。從此摩訶末沙威名大震。
西遼在對(duì)付帝國(guó)西部的花刺子模國(guó)和西部喀喇汗主朝的叛離而失敗的同時(shí)，西遼在各個(gè)屬?lài)?guó)的官員也日趨腐化。東部的高昌回鶻王國(guó)于1209年殺死西遼王朝的監(jiān)督官投靠蒙古國(guó)，1211年葛邏祿部首領(lǐng)阿兒斯蘭汗也投奔成吉思汗。這樣，西遼王朝只剩下東部喀喇汗王朝這一個(gè)附庸國(guó)。后來(lái)東部喀喇汗王朝也起兵造反，菊兒汗出兵鎮(zhèn)壓，并把喀喇汗王朝的穆罕默德俘虜，囚禁于巴拉沙袞，才穩(wěn)定住局勢(shì)。但是這時(shí)西遼王朝的直轄領(lǐng)地，情況也已與全盛之時(shí)不可同日而語(yǔ)。西遼王朝氣數(shù)將盡，離滅亡已經(jīng)不遠(yuǎn)了。
蒙古興起后，乃蠻部被成吉思汗打垮，乃蠻部太陽(yáng)汗子屈出律（又稱(chēng)古出魯克）及大量部民逃脫。他們奔往別失八里，從那里又越過(guò)天山到達(dá)庫(kù)車(chē)。屈出律帶領(lǐng)部下在庫(kù)車(chē)山里東游西蕩，既無(wú)糧食又乏給養(yǎng)，而跟隨他的那些人已作鳥(niǎo)獸散。
1208年冬，屈出律只好去投奔西遼王朝的菊兒汗。屈出律到巴拉沙袞后，有一段時(shí)間為菊兒汗供職。當(dāng)花刺子模的沙摩訶末起兵反對(duì)西遼時(shí)，東方的屬?lài)?guó)、屬部也起來(lái)造反，西遼處境困難。這時(shí)屈出律提出讓他去糾集乃蠻舊部，以強(qiáng)大西遼的建議。耶律直魯吉接受了他的建議，賞賜他許多財(cái)寶并封他為可汗。
屈出律到葉密立和海押立一帶收集自己的族人，又同其他部落結(jié)成聯(lián)盟。他率領(lǐng)這支軍隊(duì)進(jìn)入西遼直轄領(lǐng)地，大肆殺戮和搶劫。他向花刺子模沙派出使臣，約定夾攻菊兒汗，瓜分西遼土地。屈出律出兵擊敗西遼軍隊(duì)，遂劫掠烏茲干，又進(jìn)攻巴拉沙袞，但被菊兒汗打敗，士兵大半被俘。屈出律北走，重新集結(jié)兵力，等待時(shí)機(jī)。
1210年怛邏斯戰(zhàn)役后，花刺子模和西遼各自退兵。西遼軍隊(duì)紀(jì)律敗壞，沿途燒殺搶劫，人民驚恐。當(dāng)他們抵達(dá)巴拉沙袞時(shí)，居民們緊閉城門(mén)，拒絕他們?nèi)氤?。西遼軍隊(duì)的將領(lǐng)們告訴他們花刺子模已退兵。但居民們不相信，堅(jiān)持戰(zhàn)斗了十六天，最后被西遼軍隊(duì)用大象把城門(mén)攻毀。西遼軍隊(duì)入城后，屠殺三天三夜，有四萬(wàn)七千人被殺。西遼軍隊(duì)同時(shí)大肆搶劫，得到大量財(cái)物。但是這時(shí)菊兒汗財(cái)政困難，國(guó)庫(kù)空空如洗。宰相馬赫穆德巴依怕菊兒汗征收自己的財(cái)產(chǎn)，便建議把士兵搶劫的財(cái)物集中歸國(guó)庫(kù)。當(dāng)將軍們聽(tīng)到這一消息后，便各自帶軍隊(duì)離開(kāi)菊兒汗，煽動(dòng)叛亂。
屈出律得知這一情況后，于1211年秋天趁直魯古外出狩獵的時(shí)候?qū)⑵鋷к婈?duì)突襲菊兒汗，攫取了政權(quán)?！哆|史》記載，“乃蠻王屈出律以伏兵八千擒之，而據(jù)其位。”屈出律攫取政權(quán)后，表面上對(duì)菊兒汗很禮敬“尊耶律直魯古為太上皇，皇后為皇太后，朝夕問(wèn)起居”，實(shí)際上是利用他來(lái)穩(wěn)定自己的統(tǒng)治。耶律直魯古在郁抑悲意中生活了兩年，于1213年死去。耶律直魯古史稱(chēng)末主。
屈出律為了取得契丹貴族的支持，娶了西遼王朝末代皇帝直魯古之女忽渾公主，并依公主勸告，他由基督教改信佛教。由于花拉子摸國(guó)摩訶謨打著伊斯蘭教旗號(hào)向東擴(kuò)張，屈出律在全國(guó)大力推行佛教，打擊伊斯蘭教。屈出律要穆斯林改奉佛教，至少要穿戴契丹人的服裝，并強(qiáng)制推行，引起人民群眾的普遍不滿。
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